Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt​​

Wydział Medycyny Weterynaryjnej i Nauk o Zwierzętach
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu

Zespół Genomiki i Diagnostyki Genetycznej

Zespół Badawczy:

Główne kierunki badawcze:

  • Podłoże cytogenetyczne i  molekularne chorób i wad rozwojowych, głównie zaburzeń rozwoju płci
  • Genomika i epigenomika otłuszczenia/otyłości
  • Nutrigenomika
  • Architektura jądra interfazowego
  • Modyfikacje genetyczne mezenchymalnych komórek macierzystych (MSC) świni z wykorzystaniem techniki CRISPR/Cas9
  • Genomika i epigenomika nowotworów
  • Bioinformatyczna analiza sekwencji DNA

Stosowane techniki badawcze:

  • Prowadzenie hodowli komórkowych in vitro (limfocyty, fibroblasty, MSC, linie nowotworowe) 
  • Techniki cytogenetyki klasycznej (barwienia chromosomów, kariotypowanie) oraz molekularnej (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ – FISH i jej odmiany: 3D-FISH, RNA-FISH, immuno-FISH)
  • Barwienia immunoflurescencyjne (IF) 
  • Sekwencjonowanie DNA techniką Sangera 
  • Sekwencjonowanie NGS (MiSeq)
  • PCR w czasie rzeczywistym (real-time PCR)
  • Emulsyjny PCR (ddPCR)
  • Analiza metylacji DNA poprzez pirosekwencjonowanie
  • Immunoprecypitacja chromatyny (ChIP)

Wybrane publikacje (ostatnie 2 lata)

2022

Flisikowski K, Perleberg C, Niu G, Winogrodzki T, Bak A, Liang W, Grodziecki A, Zhang Y, Pausch H, Flisikowska T, Klinger B, Perkowska A, Kind A, Switonski M, Janssen KP, Saur D, Schnieke A. (2022). Wildtype APC influences the severity of familial adenomatous polyposis. Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology 13(2): 669-671. 

Krzeminska P., Nowacka-Woszuk J., Switonski M. (2022). Copy number variation of the SRY gene showed an association with disorders of sex development in Yorkshire Terrier dogs. Animal Genetics 53(1): 152-155. 

Krzeminska P, Nowak T, Switonski M. (2022 – online early). Isolated cryptorchidism in dogs is not associated with polymorphisms of the INSL3 and AR candidate genes. Animal Genetics,  doi: 10.1111/age.13175. 

 

2021

Naillat F., Saadeh H., Nowacka-Woszuk J., Gahurova L., Santos F., Tomizawa S., Kelsey G. (2021), Oxygen concentration affects de novo DNA methylation and transcription in in vitro cultured oocytes. Clinical Epigenetics, 13, 132.

Nowacka-Woszuk J., Mackowski M., Mantaj W., Stefaniuk-Szmukier M., Cieslak J. (2021). Equine STX17 intronic triplication confirmed by droplet digital PCR analysis of its breakpoints. Animal Genetics, 52: 567-56.

Nowacka-Woszuk J., Mackowski M., Stefaniuk-Szmukier M., Cieslak J. (2021). The equine graying with age mutation of the STX17 gene: A copy number study using droplet digital PCR reveals a new pattern. Animal Genetics 11, 223-227.

Nowacka-Woszuk J. (2021). The genetic background of hernia in pigs: A review. Livestock Science 244: 104317. 

Shaffer L.G., Hopp B., Switonski M. Zahland A., Blake C. Ballif B.C. (2021).  Identification of aneuploidy in dogs screened by a SNP microarray. Human Genetics 140: 1619-1624. 

Stachecka J., Kolodziejski P.A., Noak M., Szczerbal I. (2021). Alteration of active and repressive histone marks during adipogenic differentiation of porcine mesenchymal stem cells. Scientific Reports 11, 1325.

Szczerbal I., Switonski M. (2021). Clinical Cytogenetics of the Dog: A Review. Animals 11, 947. 

Szczerbal I., Nizanski W., Dzimira S., Nowacka-Woszuk J., Stachecka J. Biezynski J., Ligocka Z., Jagodka D., Fabian-Kurzok H., Switonski M. (2021). Chromosome abnormalities in dogs with disorders of sex development (DSD). Animal Reproduction Science 230, 106771. 

2020

Oryginalne prace twórcze

Szczerbal I., Nowacka-Woszuk J., Kopp-Kuhlman C., Mackowski M., Switonski M. (2020). Application of droplet digital PCR in diagnosing of X monosomy in mares. Equine Veterinary Journal 52: 627-631.

Sikorska A, Stachowiak M, Flisikowska T, Stachecka J, Flisikowski K, Switonski M. (2020). Polymorphisms of CSF1R and WISP1 genes are associated with severity of familial adenomatous polyposis in APC1311 pigsGene 759:144988.

Stachecka J., Lemanska W., Noak M., Szczerbal I. (2020). Expression of key genes involved in DNA methylation during in vitro differentiation of porcine mesenchymal stem cells (MSCs) into adipocytes. Biochemical and Biophysical Research Communications 522: 811-818.

Krzeminska P, Stachowiak M, Skrzypski M, Nowak T, Maslak A, Switonski M. (2020 – online early). Altered expression of CYP17A1 and CYP19A1 in undescended testes of dogs with unilateral cryptorchidismAnimal Genetics.  51: 763-771.

Nowacka-Woszuk J., Krzeminska P., Nowak T, Gogulski M, Switonski M, Stachowiak M (2020). Analysis of transcript and methylation levels of INSL3 and RXFP2 in undescended and descended dog testes suggested promising biomarkers associated with cryptorchidism. Theriogenology 157:483-489

Antkowiak M., Nowacka-Woszuk J., Szczerbal I., Switonski M., Szydlowski M. (2020). AMY2B gene copy-number variation studied by droplet digital PCR (ddPCR) in three canids: red fox, arctic fox, and Chinese raccoon dogFolia Biologica (Kraków) 68: 51-55.

Artykuły przeglądowe

Nowacka-Woszuk J. (2020), Nutrigenomics in livestock-recent advances. Journal of Applied Genetics 61 (1): 93-103.

Switonski M (2020).  Impact of gene therapy for canine monogenic diseases on the progress of preclinical studies, Journal of Applied Genetics, 61:179-186.

Szczerbal I, Switonski M. (2020). Genetic disorders of sex development in cats: An update, Animal Reproduction Science 216: 106353.

  • Projekty badawcze (aktualnie realizowane)

NCN-OPUS: Wykorzystanie analizy transkryptomicznej do identyfikacji genów związanych z występowaniem przepuklin pępkowych świń, nr 2019/33/B/NZ9/00654, kierownik projektu: dr hab. Joanna Nowacka – Woszuk, 2020-2023.

NCN-OPUS: Zastosowanie technologii CRISPR-Cas9 do wyjaśnienia czy zmiany architektury jądra interfazowego w trakcie adipogenezy są przyczyną czy skutkiem aktywności transkrypcyjnej genów, nr 2018/29/B/NZ2/00956, kierownik projektu: prof. dr hab. Izabela Szczerbal, 2019-2022.

NCN-OPUS: Identyfikacja markerów genetycznych i epigenetycznych związanych z wnętrostwem psów, nr 2018/29/B/NZ9/01065, kierownik projektu: prof. Marek Świtoński, 2019-2022.

NCN-OPUS: Kompleksowa charakterystyka regionów kandydujących w genomie psa dla monogenowych zaburzeń rozwoju płci, oparta o sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) i cyfrowy emulsyjny PCR (ddPCR), nr 2016/23/B/NZ9/03424, kierownik projektu: prof. dr hab. Marek Świtoński, 2017-2021. 

NCN-OPUS: Identyfikacja markerów otyłości psów przy pomocy sekwencjonowania całogenomowego  nr 2016/23/B/NZ2/01762, kierownik projektu: prof. dr hab. Maciej Szydłowski, 2017-2021.

NCN-SONATA: Identyfikacja molekularnych zjawisk przyczynowych związanych z wczesnym rozwojem raka jelita grubego u genetycznie zmodyfikowanych świń w locus APC, nr 2016/21/D/NZ2/03830, kierownik projektu: dr hab. Monika Dragan, 2017-2021.

  • Wykaz głównych przedmiotów prowadzonych przez członków Zespołu:

Genetyka ogólna i weterynaryjna – kierunek – Weterynaria, kierownik przedmiotu – prof. Marek Świtoński

Genetyka – kierunek – Biotechnologia (I°), kierownik – prof. Marek Świtoński (przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Genetyki i Hodowli Roślin, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii)

Genetyka ogólna – kierunek – Biologia (I°), kierownik – prof. Marek Świtoński

Cytogenetyka i inżynieria chromosomowa – kierunek – Biotechnologia (I°) , kierownik – prof. Marek Świtoński (przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Genetyki i Hodowli Roślin, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii)

Genetyka człowieka – kierunek – Biologia (II°), kierownik – prof. Marek Świtoński

Diagnostyka chorób genetycznych zwierząt – kierunek – Weterynaria, kierownik – prof. Marek Świtoński

Bioinformatyka – kierunki – Biologia (II°), Biotechnologia (II°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski

Genetyka molekularna i podstawy biotechnologii – kierunek – Biologia (I°), kierownik – dr hab. Monika Dragan

Genomika i zwierzęta transgeniczne – kierunek – Biotechnologia (II°), kierownik – dr hab. Joanna Nowacka-Woszuk

Nutrigenomika i diagnostyka molekularna – kierunek – Żywienie zwierząt (II°, studia dualne), kierownik – dr hab. Joanna Nowacka-Woszuk

Diagnostyka cyto-immunogenetyczna zwierząt – kierunek Biologia (II°) – kierownik –  prof. dr hab. Izabela Szczerbal

Diagnostyka genetyczna w hodowli zwierząt – kierunek Zootechnika – kierownik –  prof. dr hab. Izabela Szczerbal

Genetyka molekularna i epigenetyka – kierunek Biotechnologia (I°) – kierownik –  prof. dr hab. Izabela Szczerbal, przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Biochemii i Biotechnologii, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii

Neurogenetyka – kierunek Neurobiologia (II°) – prof. dr hab. Izabela Szczerbal, dr hab. Monika Dragan – przedmiot prowadzony wspólnie z UAM i UMP

Choroby genetyczne zwierząt i ich diagnostyka–   kierunek – Biotechnologia (II°), kierownik prof. Marek Świtoński

  • Przedmioty prowadzone w. j angielskim:

Recent advances in Animal Biotechnology – kierunek Biotechnology (II°); Biotechnologia (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński

Animal Genomics – kierunek Animal Production Management (II°) –  kierownik prof. Marek Świtoński

Genetic diagnostics in Animal Breeding – kierunek Animal Production Management (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński

Genetic Diseases of Domestic Animals – kierunek Biotechnology (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński

Cytogenetics and Chromosome Engineering – kierunek Biotechnology (II°) – przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Biochemii i Biotechnologii, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bioinżynierii.